La CC Serein et Armance est composée de 57 communes. Seules 19 communes sont en tout ou partie situées dans le bassin versant de Yonne Médian.
- Beauvoir
- Charentenay
- Charny-Orée-de-Puisaye
- Coulangeron
- Courson-les-Carrières
- Diges
- Egleny
- Fontenay-sous-Fouronnes
- Fouronnes
- Leugny
- Merry-Sec
- Migé
- Mouffy
- Ouanne
- Parly
- Pourrain
- Toucy
- Val-de-Mercy
- Villers-Saint-Benoît